Nacido en 1950, Fernando Pérez Oyarzun pasó su infancia en Colchagua. Realizó sus estudios escolares en Santiago, ingresando a estudiar arquitectura en la Universidad Católica de Chile. Se titula de arquitecto en 1977. Paralelamente realiza estudios de composición en la Universidad de Chile. Entre 1978 y 1981 realiza un doctorado en arquitectura en la Escuela Técnica Superior de Arquitectura de Barcelona. Sus actividades docentes se inician mientras era estudiante, siendo contratado como Instructor jornada completa en su propia casa de estudios en 1974. Sus áreas de docencia son variadas, concentrándose en taller y teoría de la arquitectura. Sus trabajos de investigación abordan preferentemente teoría e historia de la arquitectura, con énfasis en el proyecto y sus formas de producción. Estos han dado origen a numerosas publicaciones que incluyen libros, capítulos y artículos que han aparecido nacional e internacionalmente.  Ha dirigido numerosas tesis a nivel de pre y postgrado.

Ocupó también diversos cargos administrativos, incluyendo la dirección de la Escuela de Arquitectura (1987-90), el decanato de la Facultad de Arquitectura y Bellas Artes (1990-2000), la jefatura del Doctorado en Arquitectura y Estudios Urbanos (2004-2016) y la dirección del Programa de Patrimonio Cultural (2007-2012). Entre 2019 y 2023 fue director del Museo Nacional de Bellas Artes.

Sus trabajos profesionales, realizados individualmente o en equipo incluyen edificios universitarios, residencias y diversos equipamientos. Ellos han sido publicados y expuestos tanto en Chile como en el extranjero.